A török hódoltság és az azt követő belháborúk után, a XVIII. század első évtizedeiben a megyei közgyűlés nagy erőfeszítéseket tett szétszóródott iratainak összegyűjtésére. Ebben a magyar közigazgatást újjáépíteni szándékozó törvények is segítették, mint például az 1723: 73. törvénycikk, amely a megyei székházak építését rendelte el, illetve az 1729: 25. törvénycikk, amely arról rendelkezett, hogy a peres és a megyei közügyekre vonatkozó iratokat a megye levéltárába helyezzék el. Zala megye az elsők között felelt meg ezeknek a törvényeknek azzal, hogy 1732-re Zalaegerszegen, amely ettől kezdve a megye állandó székhelye lett, felépítette a megyeházát. Ebben az épületben - a mindenkori megyei jegyző lakásából, a közgyűlés rendeletére - méltó és állandó helyre kerültek a megye iratai: ezzel létrejött a levéltár, mint intézmény.

Az ezt követő évtizedekben a közgyűlés újult erővel folytatta a korábbi évszázadokban szétszóródott iratanyagának összegyűjtését. Az így összegyűlt iratok ekkor még egyetlen helyiségben elfértek, csaknem száz évvel később, 1824-ben azonban már a vármegyeháza négy szobáját töltötte meg a levéltári anyag. Bár a vármegye mindig gondot fordított levéltárára, annak kezeléséről nem alkotott külön szabályrendeletet. Az iratok összeszedése után azok megfelelő rendezése és segédletekkel való ellátása lett a fő feladat. Ezt a munkát a megyei jegyző és egy-két - néha állandó, máskor alkalmi - segédhivatalnok végezte. Az iratok és a velük való munka folyamatos szaporodása miatt a vármegye belátta, hogy külön levéltárnokra van szüksége. Az 1790. szeptember 9-én tartott közgyűlésen kifejezetten a levéltár ügyeivel foglalkozó hivatalnoknak nevezték ki Deák Pétert évi 300 Ft-os fizetéssel. Ezzel állandósult a levéltárnoki állás, melyet 1791-től Domján József, majd 1794. szeptember 4-től Háry Farkas töltött be. Háry kivételesen hosszú, 1849-ig tartó szolgálata alatt szinte teljesen rendet teremtett az iratok között. Az 1820-as években a levéltár személyzete a levéltárnokon kívül levéltárnoki segédből és lajstromozóból állott.

Háry a levéltár technikai felszereltségén többször is javítani kívánt. Célszerűnek látta volna a megyeháza emelete helyett a földszinten elhelyezni az iratokat, illetve megfelelőbb tároló-szekrényeket akart beszerezni, vagy legalább a régiek megjavítását, átalakítását szerette volna elérni, de terveit a megyei vezetés ekkor nem támogatta. Az 1826-os nagy zalaegerszegi tűzvész után, a tűzbiztonság fokozása céljából a levéltári helyiségek ablakaira vastáblákat, a faajtók helyére pedig vasajtókat szereltek fel. Az iratok nagymértékű gyarapodása, valamint a helyhiány miatt első ízben az 1840-es években vetődött fel a selejtezés szükségességének gondolata. Az akkor már a nyolcvanas éveiben járó Háry Farkast azonban nem akarták ezzel terhelni, később pedig a forradalmi időszak negligálta ezeket a törekvéseket.

1872-ben, a bíróságok újjászervezésekor a Zalaegerszegi Törvényszék költözött be a megyei székházba, de a levéltár itt maradhatott, amíg az új helyre - az ún. kvártélyházba - áttelepült megyeháza mellett fel nem épült a levéltárnak is helyet adó új épület. 1891-ben ebben az új - a mai Széchenyi tér 3. sz. alatti - épületrészben, az utcai oldalon két helyiségben, az udvari részen pedig egy nagy teremben rendezkedett be az intézmény. Az első világháború kitörése után, az éppen nyugdíjba vonult levéltárnok helyére évekig nem neveztek ki önálló szakembert, hanem valamelyik aljegyző, vagy közigazgatási gyakornok kezelte a levéltárat. 1917. március 15-én ugyan kineveztek egy levéltárnokot Fára József személyében, de ő ezután még évekig közigazgatási ügyeket intézett, és csak az 1920-as évek elején kezdhetett hozzá a levéltárosi munkához. Nem sokkal később egy irodatisztet, a harmincas évek elején pedig egy altisztet is beosztottak a levéltárhoz. Első ízben Fára József vállalkozott arra, hogy megírja a levéltár addigi történetét. Tanulmánya a Levéltári Közleményekben jelent meg 1935-36-ban. (Zala vármegye levéltára 1.) (Zala vármegye levéltára 2.)

A második világháború viszonylag mérsékelt károkat okozott a levéltár iratanyagában. Sokkal súlyosabb volt az a pusztulás, ami a hivatalokban még kint őrzött közigazgatási és igazságszolgáltatási, valamint az elhagyott kastélyokban szabad prédára került gazdasági, családi, személyi iratanyagban következett be. A háború utáni években beállt politikai fordulat, különösen annak közigazgatási vetülete alapvető változásokat hozott a levéltár életében is. A korábban csak a megyei igazgatás iratanyagát befogadó levéltárat 1950-ben, a 29. sz. törvényerejű rendelettel - a többi hasonló levéltárral együtt - kivették a megyei szervezetből és közvetlenül minisztériumi irányítás alá helyezve, lényegében államosították. Egész Zala megyére kiterjesztették az illetékességi körét, amelybe a megye összes hivatala, intézménye és egyéb iratképző szerve mellett beletartozott az államosított vagy újólag létrehozott vállalatok és más gazdasági egységek iratanyaga is. Az intézmény neve ekkor Zala megyei Közlevéltár, egy 1952-es miniszteri utasítás megjelenése után pedig Zalaegerszegi Állami Levéltár lett.

1968. január 1-től Zala Megyei Levéltár néven a megyei tanács fenntartásába került az intézmény, az illetékességi kör változatlanul hagyása mellett. A hetvenes évektől kezdődően minden téren rohamosan bővült a levéltár. A munkatársak száma a kezdeti néhány főről több mint húszra, az őrzött iratanyag mennyisége több ezer iratfolyóméterre nőtt. Sajnos a korszerű tárolásra alkalmas helyiségeknek híján volt az intézmény, ennek következtében általánossá vált a szükségraktárakban való tárolás. Ráadásul ezek a helyiségek gyakran cserélődtek, ami az iratanyag állandó költöztetésével járt, veszélyeztetve annak állagát és rendezettségét. Mégis ebben az időszakban kezdődött meg az anyag rendszeres és módszeres tudományos szempontú feldolgozása, kutatása, valamint az elért eredmények publikálása. Ebben elévülhetetlen érdemeket szerzett Degré Alajos, a levéltár akkori vezetője, akinek fontos szerepe volt többek között a Zalai Gyűjtemény c. kiadványsorozat 1974-es elindításában, aminek 1984-ben bekövetkezett haláláig szerkesztője volt.

Az 1980-as években a hatalmas mennyiségű levéltárérett iratanyag átvétele és tárolása jelentette a legnagyobb problémát. Az évtized végén felvetődött egy új levéltár - vagy legalább raktár - építése, de a tervek elkészülte után, annak megvalósítására már nem került sor. Helyette a fenntartó megyei önkormányzat a kilencvenes évek elején egy zalaegerszegi autójavító szerviz két kiürült ipari csarnokát vásárolta meg és alakíttatta át levéltári raktárakká. Ezek elkészülte után 1994-ben, a korábban Zalaegerszeg több pontján, illetve Petrikeresztúron - egy volt iskolaépületben - tárolt iratanyagot ide lehetett átszállítani. Ettől kezdve a Zala Megyei Levéltár a Széchenyi téren lévő központi raktárai mellett kizárólag ezekben a Balatoni úti raktárépületekben tárolta az iratait. Ezen a téren 2007-ben következett be újabb változás, amikor a fenntartó egy újabb, kisebb szükségraktárat bocsátott az intézmény rendelkezésére, enyhítendő az egyre súlyosabb tárolási gondokon.

2012. január 1. ismét jelentős változást hozott a Zala Megyei Levéltár életében. Fenntartónk megváltozott, mégpedig ismét az állam vette át ezt a szerepet a többi megyei levéltár és sok más intézménytípushoz hasonlóan. Az állami fenntartás a Zala Megyei Kormányhivatalon belül, az ugyanebben az időpontban felállított Zala Megyei Intézményfenntartó Központ révén valósul meg.